日本小檗的根和茎含小檗碱，可供提取黄连素的原料。
日本小檗的叶子薄纸质，倒卵形、匙形或菱状卵形，长1-2厘米，宽5-12毫米。
日本小檗的花期为4-6月，果期为7-10月。
日本小檗的根皮可作为健胃剂。