甘肃黄芪的根直伸，暗褐色，颈部具数个细瘦的根状茎。
甘肃黄芪的花冠是青紫色。
甘肃黄芪的荚果狭椭圆状长圆形，先端尖，长13-14毫米，宽4-6毫米，稍膨胀，果颈与萼筒近等长。
甘肃黄芪的旗瓣倒卵形，长14-15毫米，先端微凹，基部渐狭成瓣柄。