甘肃黄芪的旗瓣倒卵形，长14-15毫米，先端微凹，基部渐狭成瓣柄。
甘肃黄芪的花萼管状，长7-9毫米，密被黑色柔毛，萼齿披针形或钻形，长2-3毫米。
甘肃黄芪的总状花序生8-18花，稍密集，偏向一边；总花梗生于基部叶腋，与叶近等长或较长，具条棱，散生白色长柔毛，上部混有黑色柔毛。
甘肃黄芪的花冠是青紫色。