祁连山黄芪的子房狭卵形，密被白色和黑色柔毛，具柄。
祁连山黄芪的旗瓣宽倒卵形，长10-11毫米，先端微凹，翼瓣与旗瓣近等长，瓣片长圆形，长约4毫米。
祁连山黄芪的茎多少短缩，具条棱，被极稀疏的白色或黑色柔毛。
黄色、黑褐色