祁连山黄芪的子房狭卵形，密被白色和黑色柔毛，具柄。
祁连山黄芪的羽状复叶有9-13片小叶，叶柄长2-3厘米，托叶离生，叶状，椭圆形，长5-13毫米，宽3-7毫米，具白色缘毛。
祁连山黄芪的小叶卵圆形或长圆形，长1-2厘米，宽5-10毫米，先端钝或微凹，基部宽楔形或近圆形。
祁连山黄芪的花萼钟状，长约5毫米，萼筒带黑紫色，无毛，萼齿披针形，长约2毫米，内面被黑色柔毛。