祁连山黄芪的茎多少短缩，具条棱，被极稀疏的白色或黑色柔毛。
祁连山黄芪的总状花序有10余朵花，稍紧密、长1-2厘米，花序轴花后伸长，总花梗比叶长2-3倍。
黄色、黑褐色
祁连山黄芪的花冠黄色，干时呈黑褐色。