毛柄堇菜，多年生草本，无地上茎和匍匐枝，花期高7-15厘米，果期高可达30厘米。
根状茎缩短，垂直，长不超过1厘米，顶部不分枝，常被残存的托叶、所包围；
根通常由根状茎的同一部位发出，较粗壮，长8-15厘米，粗1.5-3毫米，白色或淡褐色，斜生或稍横生。
叶在花期1-4枚；
叶片长圆状卵形或卵形，长2-7厘米，宽1-4厘米，先端钝或稍尖，基部微心形或深心形，边缘具平而钝的圆齿，两面通常无毛，或仅在下部尤其是下面沿叶脉上被白色细长毛，果期叶数增多，叶片增大，长可达15厘米，宽约8厘米；
叶柄与叶片等长或稍长于叶片，密被平伸或有时向下伸展的白色细长毛，果期叶柄伸长，长可达18厘米，疏生白色长毛或近无毛；
托叶淡绿色或苍白色，近膜质，约1/2以上与叶柄合生，离生部分线状披针形，先端渐尖，边缘疏生短流苏状腺齿。
花形大，淡紫色，直径2-3厘米；
花梗细长，与叶等长或稍长于叶，疏生或密被白色细长毛，或上部有时近无毛，在中部或中部以下有2枚线形小苞片；
萼片长圆状披针形或狭披针形，长6-8.5毫米，先端尖，边缘狭膜质，具3或5脉，基部附属物长1.5-2毫米，末端截形或圆钝，有缘毛或无毛；
花瓣倒卵形，长约1.6厘米，宽约7.5毫米，侧方花瓣长约1.5厘米，宽约6毫米，里面基部有明显的长须毛，下方花瓣基部稍白色并有紫色条纹，连距长2.0-2.5厘米；
距圆筒状，长7-9毫米，粗1-2毫米，直或稍向上弯，末端圆；
雄蕊5，药隔顶端附属物长约1.5毫米，花药长2-2.5毫米，下方2雄蕊之距细长，长4-5毫米，粗约0.8毫米；
子房长卵状，无毛或被微柔毛，花柱基部微膝曲，向上明显增粗，柱头2裂，其两侧及后方具明显增厚而伸展的缘边，前方具短喙，喙端具较细而向上的柱头孔，蒴果长椭圆形，无毛。
花期4-6月，果期5-7月。
