小花藜芦，植株较小，高30-40厘米；
茎细，基部连鞘粗约1厘米，具棕褐色带网眼的纤维网。
叶生于茎下部的通常3-4枚，较宽，矩圆状椭圆形，长约17厘米，宽1.7-3.5厘米，两面无毛，先端急尖，基部收狭为短柄，叶柄长2-3厘米。
圆锥花序长15-19厘米，疏生多数花；
侧生总状花序长3-5厘米，轴纤细，通常具雄性花，顶生总状花序较侧生花序长，具两性花；
总轴、枝轴和花梗均具短绵状毛；
花小，淡黄绿色；
花被片近矩圆形，长2-3毫米，宽约1毫米，先端钝，基部无柄，边缘多少具睫毛；
花梗短，在侧生花序上的长1-2毫米；
小苞片多少等长于花梗，背面和边缘生毛；
雄蕊约等长于花被片的一半；
子房无毛。
蒴果下垂，长1厘米，宽约7毫米。