齿萼挖耳草的蒴果是宽椭圆球形，背腹扁，长2-4毫米，室背开裂。
齿萼挖耳草的花期是7-10月，果期是8-11月。
齿萼挖耳草的雄蕊无毛，花丝线形，弯曲，长约1.5毫米；2药室近分离。雌蕊无毛，子房卵球形，花柱短而明显，柱头下唇四方形，上唇消失呈截形。
齿萼挖耳草的花序直立，长5-30厘米，无毛，中部以上具2-10朵疏离的花。