亚麻叶碱蓬，一年生草本，高20-70厘米。
茎直立，圆柱状，有微条棱，基部直径可达6毫米，多少分枝；
枝通常细长，斜伸。
叶条形，半圆柱状或略扁平，长1-2.5厘米，宽2-3毫米，通常斜上或近直立，先端渐尖，基部收缩呈短柄状。
花两性兼有雌性，通常1朵或2-3朵团集，无柄或有短柄，生于叶柄上；
苞片和小苞片膜质，卵形；
花被圆柱形至倒卵形，肉质，长1.5-3毫米，宽1-2毫米，5浅裂，裂片略呈兜状，通常闭合；
花药矩圆形，长约0.4毫米; 柱头2-3，丝形，很短，伸出花被外。
胞果完全为花被所包覆；
果皮膜质。
种子直立，歪卵形，两侧略扁，长1.5-2毫米，宽1.2-1.5毫米，黑色，表面具颗粒状凸点，无光泽，周边钝；
胚根在下方突出。
花果期7-10月。
