林芝蝇子草，多年生草本，高10-15 (-22) 厘米。
根垂直，木质，粗壮，常具匍匐茎。
茎疏丛生，常不分枝，带紫色，密被腺柔毛。
基生叶花期枯萎；
茎生叶常4-5对，叶片卵形或卵状披针形，长2-3 (-4.5) 厘米，宽1-1.5 (-2) 厘米，顶端急尖，基部无柄，圆形或楔形，两面和边缘具腺毛，中脉明显。
花单生，稀2-3朵，花梗长1.5-2厘米，密被腺毛；
花萼卵状宽钟形，长20-25毫米，宽10-12毫米，口张开，基部脐形，纵脉10，紫色，沿脉密被腺毛，萼齿椭圆形，长5-7毫米，顶端钝，带紫色，边缘具腺缘毛；
雌雄蕊柄长3-4毫米，被长绵毛状柔毛；
花瓣露出花萼8-10毫米，爪楔形，长17-18毫米，具3脉，无或微具耳，基部具多细胞绵毛，瓣片淡紫色，深2裂，裂片具齿或细圆齿，有时瓣片两侧具不明显的齿，副花冠片楔形，顶端近平截，啮蚀状；
雄蕊长约10毫米，花丝下部被绵毛；
花柱较短。
蒴果卵形，长12-15毫米，5齿裂；
种子圆肾形，压扁，亮褐色，具翅，连翅长约2毫米。
