准噶尔蝇子草，多年生草本，高15-60厘米，全株密被长柔毛。
主根细长，稍木质。
茎丛生，直立，不分枝。
基生叶叶片狭披针形，长3-9厘米，宽3-10毫米，基部渐狭成柄状，顶端渐尖，边缘具缘毛，中脉明显；
茎生叶3-5对，叶片线状披针形，无柄。
总状花序常具2-6花，稀更多；
花直立或俯垂，花梗长5-15毫米；
苞片线状披针形，草质；
花萼狭钟形，长12-15毫米，宽5-7毫米，密被短柔毛和稀疏腺毛，纵脉暗绿色，脉端不连结，萼齿三角形，顶端急尖，边缘膜质，白色，具缘毛；
雌雄蕊柄被短柔毛，长约1毫米；
花瓣白色或淡红色，与花萼等长或微露出花萼，长11-13毫米，爪倒披针形，耳圆形，瓣片轮廓倒心形，浅2裂，裂片边缘有时具1不明显的齿，副花冠片小，近卵形；
雄蕊内藏，花丝无毛；
花柱内藏，线形。
蒴果椭圆状卵形，长10-12毫米，10齿裂，比宿存萼短；
种子肾形，长约0.8毫米，暗褐色，两侧耳状凹，脊厚，具小瘤。
花期6-7月，果期7-8月。