污色蝇子草，多年生草本，高30-45厘米。
根圆锥状，具多头根颈。
茎疏丛生，稀单生，直立，多少被短绢毛，有时下部近无毛。
基生叶和下部茎生叶叶片倒披针形，长5-12厘米，宽5-11毫米，顶端渐尖，基部渐狭成长柄状，两面被疏毛，边缘具腺缘毛，中脉明显；
茎生叶2-5对，叶片狭披针形，基部急狭成短柄或无柄。
总状花序具2-7花，稀单生，微俯垂或直立，花梗细，长5-15毫米，被短腺毛；
花萼狭钟形，长17-23毫米，口张开，纵脉粗，黑紫色，沿脉被短腺毛，萼齿三角形，顶端急尖，边缘具腺缘毛；
雌雄蕊柄短，被短毛；
花瓣比花萼长1/4，爪楔形，具钝耳，基部无毛，瓣片黑紫色，深2裂，裂片长圆状，顶端具不规则圆齿，瓣片两侧各具1细齿，副花冠片小，具细圆齿；
花柱5。
蒴果长圆状卵形，长约15毫米；
种子肾形，压扁。
花期7月。