丽江黄芩，多年生草本；
根茎横行或斜行，肥厚，径2-12毫米，内部黄色，常分叉。
茎高20-36厘米，直立，多数，自根茎顶端生出，褐紫色，四棱形，被倒向小疏柔毛，不分枝，茎中部节间长1.8-3.6厘米。
叶坚纸质，椭圆状卵圆形或椭圆形，下部者较小，长1.3-3厘米，宽0.6-1.5厘米，先端圆钝，有时微缺，边缘大多在中部或中部以上有很不明显的圆齿状锯齿或至近全缘，上面绿色下面较淡，上面被稀疏的紧贴的小疏柔毛或几无毛，下面密被凹腺点，沿脉疏被小疏柔毛，侧脉约4对，与中脉上面凹陷下面突出；
叶柄极短或近无柄，长0-1.5毫米。
花对生，在茎顶排列成顶生长6.5-12厘米的总状花序；
花梗长2-3毫米，与序轴密被平展具腺微柔毛；
苞片下部者似茎叶，但较小而变狭，长1.2-1.6厘米，上部者变小，披针状卵圆形或卵圆形，长3.5-10毫米，全缘，两面均密被具腺微柔毛。
花萼开花时长3毫米，外密被具腺微柔毛，常带紫色，内面无毛，果时长5.5毫米，盾片花时半圆形，平展，高1.5毫米，果时竖立，反折，高3毫米。
花冠黄白色、黄色至绿黄色，常染粉紫斑或条纹，长2.6-3厘米，外密被具腺微柔毛，内面无毛；
冠筒近基部前方囊状膨大，几成直角膝曲，中部宽约2.8毫米，至喉部宽约6毫米；
冠檐2唇形，上唇盔状，内凹，先端微缺，下唇中裂片近圆形，宽达8毫米，两侧裂片卵圆形，宽2.5毫米。
雄蕊4，二强；
花丝扁平，下部被小纤毛。
花盘肥厚，前方隆起；
子房柄短。
花柱细长。
子房光滑。
成熟小坚果卵圆形，长1.75毫米，径1.25毫米，黑褐色，具瘤，腹面中央具一果脐。
花期6-8月；
果期8-9月。
