爪哇黄芩，高大多年生草本。
茎直立，分枝，高达1米，钝四棱形，具极细的微柔毛或近无毛，中部节间长为叶长之半。
茎叶近革质，卵状披针形至椭圆状披针形，长4-9.5厘米，宽1.5-4厘米，向茎顶端渐渐变小，先端尾状渐尖，基部宽楔形，每侧离基部1/3以上有（4）6-8具胼胝体的波状浅牙齿，上面深绿色，无毛，下面淡绿色，沿中脉及侧脉上被极细微柔毛，余被腺点，侧脉3-4对，上面稍凹陷，下面突出，在叶缘以内消失；
叶柄短，长0.8-1.2厘米，具极细的微柔毛，两侧压扁，腹部具沟。
花对生，在茎顶或近茎顶的侧枝上排列成背腹向长7-14厘米的总状花序；
序轴与长5-6毫米的花梗均被极细短柔毛；
苞片披针形，长3-6毫米，宽1-1.25毫米，先端锐尖，具缘毛。
花萼花时长3-3.5毫米，被细微柔毛，边缘被缘毛，盾片半圆形，高2-2.5毫米，果时花萼长4毫米，盾片明显直立外卷，高4.5毫米。
花冠暗紫色，长达3.1厘米；
冠筒长2.5厘米，前方基部曲膝状，中部以上渐宽，喉部宽达8毫米，外面被微柔毛，内面在离基部1/4处具柔毛；
冠檐外被微柔毛，内面无毛，2唇形，上唇直伸，宽三角状卵圆形，宽约9毫米，先端微凹，基部骤然收缩，下唇中裂片平展，卵状圆形，两侧裂片三角形，小，基部宽2.5毫米。
雄蕊4，二强；
花丝扁平，中部以下被纤毛。
花盘肥厚，倾斜，前方隆起斜上；
子房柄极短。
花柱细长，无毛。
子房光滑。
小坚果未详。
花期4-5月。
