长冠鼠尾草的花冠二唇形，上唇直伸，长约3毫米，宽1.75毫米，先端微缺，下唇宽大，稍长于上唇，3裂，中裂片最大，倒心形，先端微缺，边缘浅波状，侧裂片近半圆形，较小。
长冠鼠尾草的花萼钟状筒形或筒形，开花时长5-8毫米，外面在脉上被具腺短柔毛，疏生浅黄色腺点，内面无硬毛环，在上半部被微硬伏毛，二唇形。
长冠鼠尾草的根茎匍匐或斜上升，短，近木质，根常增大成块根状，梭形，长1.5-3（5）厘米，粗3-5毫米，外皮朱红色，侧根丝状，多数。
长冠鼠尾草的花期是5-8月。