短叶黄杉，乔木；
树皮褐色，纵裂成鳞片状；
一年生枝干后红褐色，有较密的短柔毛，尤以凹槽处为多，或主枝的毛较少或几无毛，二、三年生枝灰色或淡褐色，无毛或近无毛；
冬芽近圆球形，芽鳞多数，覆瓦状排列，红褐色，常向外开展，宽卵形，先端钝或宽圆形，边缘有睫毛。
叶近辐射伸展或排列成不规则两列，条形, 较短，长0.7-1.5（稀达2）厘米，宽2-3.2毫米，上面绿色，下面中脉微隆起，有2条白色气孔带，气孔带由20-25条（稀达30）气孔线所组成，绿色边带与中脉带近等宽，先端钝圆有凹缺，基部宽楔形或稍圆，有短柄。
球果熟时淡黄褐色、褐色或暗褐色，卵状椭圆形或卵圆形，长3.7-6.5厘米，径3-4厘米；
种鳞木质，坚硬，拱凸呈蚌壳状，中部种鳞横椭圆状斜方形，长2.2-2.5厘米，宽约3.3厘米, 上部宽圆，鳞背密生短毛，露出部分毛渐稀少；
苞鳞露出部分反伸或斜展，先端三裂，中裂呈渐尖的窄三角形，长约3毫米，侧裂三角状，较中裂片稍短，外缘具不规则细锯齿，苞鳞中部较窄，向下逐渐增宽; 种子斜三角状卵形，下面淡黄色，有不规则的褐色斑纹，长约1厘米，种翅淡红褐色，有光泽，上面中部常有短毛，宽约7.5毫米，连同种子长约2厘米。
