新疆五针松主要生长在新疆阿尔泰山西北部的布尔津河上游的卡纳斯河和霍姆河流域，海拔1600-2350米，气候冷湿，山地生草灰化土地带。
新疆五针松适应性及耐荫性强，能在干燥砂地和排水不良的沼泽地上生长，但在土层深厚、排水良好的砂壤土或粘壤土上生长最好。
新疆五针松的种子可食，也可榨油，供食用。
新疆五针松常与新疆落叶松混生，组成以新疆五针松为主的混交林。