木里厚棱芹，多年生草本，高约1.2米。
根圆柱形，直径约8毫米。
茎单生，中上部有分枝。
基生叶和茎下部叶具柄，叶鞘卵形，叶片轮廓三角形，长8-10厘米，宽4-8厘米，三出式二至三回羽状分裂，羽片4-5对，疏离，末回裂片披针形，长0.5-1.5厘米，宽1.5-4毫米；
茎上部叶较小，无柄，叶鞘长卵形，叶片简化，一至二回羽状分裂。
复伞形花序顶生和侧生，直径3-7厘米，总苞片3-5，线形，长0.5-1厘米；
伞辐5-10，不等长，长1.5-5厘米；
小总苞片3-5，线形，与花柄近等长；
小伞形花序有花15-20；
萼齿披针形；
花瓣紫色，倒卵形，基部具短爪，顶端微凹，有内折小舌片；
花柱基紫色，花柱向两侧弯曲，长约为花柱基的2倍。
分生果长圆状卵形，长5-6毫米，宽3-4毫米，背腹扁压，主棱均发育成厚翅，每棱槽内油管2，合生面油管4；
胚乳腹面平直。
花期8月。