小花月见草的茎高范围是30-150厘米。
小花月见草的种子褐色或黑色，棱形，长1-1.6毫米，径0.5-1毫米，具棱角，各面具不整齐洼点。
小花月见草的基生叶狭倒披针形或狭椭圆形，长10-25厘米，宽1-3.5厘米。
小花月见草的蒴果锥状圆柱形，长2-4厘米，径3.5-5毫米，顶端渐狭，绿色，干时变黑色。