日本全唇兰，植株高8-15厘米。
根状茎伸长，匍匐，具节，节上生根。
茎稍粗壮，直立，圆柱形，无毛，具数枚叶。
叶小，疏生，叶片圆形或卵圆形，长5-8毫米，宽5-7毫米，先端钝或急尖，基部圆钝，骤狭成柄；
叶柄长4-5毫米，下部扩大成抱茎的鞘。
花茎长1.5-3厘米，被疏长柔毛；
花序顶生，具1-3朵花；
花苞片长圆形或卵状披针形，先端急尖或渐尖，背面疏被长柔毛，边缘具睫毛，短于子房；
子房圆柱形，扭转，被疏长柔毛，连花梗长8-9毫米；
花白色，不甚张开，花被片薄；
萼片白色或背面有时带粉红色，卵状披针形，近等长，长6毫米，先端稍尖，具1脉；
中萼片凹陷呈舟状，宽2.3毫米，与花瓣下部的大半部分粘合呈兜状；
侧萼片稍偏斜，宽2.3毫米，基部围抱唇瓣；
花瓣白色，卵状长圆形，不斜歪，长6毫米，宽2.3毫米，近顶部收狭，先端钝，近直的，具1脉，两侧几等宽；
唇瓣位于下方，白色，呈T字形，长7毫米，基部稍扩大且凹陷呈囊状，其囊内两侧各具1枚四方形、肉质、顶部钝的胼胝体，中部收狭成短的、无细乳突的爪，前部明显扩大成横长方形或近倒三角形的片，片不裂，宽3-3.5毫米，或顶部中间略凹陷。
花期7-8月。
