琴叶通泉草，一年生草本，高达40厘米，粗壮，全体被多细胞白色长柔毛。
主根短缩，须根多数，纤细，无匍匐茎。
茎1-3支，直立，坚硬，基部木质化，通常基部有分枝，枝长，有小枝。
基生叶多数，莲座状，长达10厘米，早枯落，茎生叶亦多数，下部的也长达8厘米，茎同枝叶越上越小，叶整个轮廓为矩圆状倒卵形，顶端圆形，基部渐狭成有宽翅的柄，边缘具不整齐的锯齿，中部以下琴状浅羽裂。
总状花序顶生，坚挺，伸长可达20厘米，全部多花，在结果时常疏稀；
苞片小，窄披针形；
花梗直立，上部的较萼短；
花萼漏斗状，开花时长约6毫米，果时增大，萼齿短，长占全萼的1/3，宽卵状三角形，端短尖，萼脉明显；
花冠粉红色至紫堇色，较萼长2倍，上唇裂片短而微钝，下唇较短的3裂，裂片圆形，中裂较窄小；
子房无毛。
蒴果扁卵圆形；
种子小，黄绿色，稍具槽纹。
花果期6-7月。
