阿勒泰灯芯草，一年生草本，高约16厘米（包括花序）。
茎直立，丛生，有纵条纹。
叶基生，有时具茎生叶；
基生叶常1枚；
叶片线形，长3-4厘米，顶端尖；
叶鞘长8-12毫米，有时下部略带淡红褐色，边缘狭膜质，无叶耳；
茎生叶有时存在，与基生叶相似。
花序多分枝，排成聚伞状，长约占植株的2/3至4/5；
叶状总苞片线形，长3-5厘米，短于花序；
花通常多数，散生在花序分枝的一侧，近无梗；
小苞片常2枚，宽卵形，长1.6-2毫米，顶端钝或稍尖，膜质；
花被片披针形，不等长，外轮3片长约5.5毫米，宽约1.5毫米，顶端尖，边缘膜质，内轮者长4.8毫米，宽约1.1毫米，顶端稍钝，边缘膜质透明，淡黄绿色；
雄蕊6枚；
花药长圆形，长0.9-1.2毫米，黄色；
花丝长1.2-1.4毫米；
子房椭圆形，3室；
花柱长0.8毫米；
柱头3分叉，长约1.5毫米。
蒴果三棱状椭圆形，长3.8-4毫米，比内轮花被片稍短或近等长，成熟时紫红色，顶端具很短小尖头。
种子（未完全成熟）椭圆形，黄褐色。
花期6-7月，果期7-8月。
