云南凤仙花，矮小草本，高20厘米，全株无毛。
茎纤细，直立，不分枝，下部长裸露。
叶少数，互生，具柄，卵形，顶端近急尖，基部尖，渐狭成长5-10毫米的叶柄，边缘具锯齿，齿端具小尖，侧脉4-5对，上面深绿色，被短糙毛，下面灰白色，无毛。
总花梗腋生，短于叶，直立，具1花，花梗中部具2苞片，花大，长3-5厘米，污黄色，侧生萼片2，圆形，直径4毫米，具5-7条脉，不等侧；
旗瓣圆形，直径12毫米，中肋背面具宽鸡冠状突起，冠突中部具尖喙；
翼瓣近无柄，长3厘米，2裂，基部裂片大，圆形，上部裂片较小，斧形或倒卵状长圆形，顶端圆形，背部具小耳；
唇瓣大，囊状，长2厘米，口部近斜上，宽25毫米，先端尖；
基部渐狭成内卷的短距。
花丝短；
花药尖。
子房镰刀状，顶端尖，未成熟的蒴果镰刀状线状长圆形。