小花凤仙花，一年生草本，高30-60厘米，全株无毛或上部被疏腺毛，具少数支柱根及纤维状根。
茎肉质，直立，节膨大，上部或有时中部有分枝，分枝细，开展。
叶互生，具柄，椭圆形或卵形，膜质，长6-11厘米，宽3.5-4.5厘米，顶端渐尖或短尖，基部楔形沿叶柄下延达最下部，边缘具锐锯齿，齿端具小尖，基部近全缘，通常具3-4对具柄的腺体。
侧脉5-7对，弧状弯，上面深绿色，下面浅绿色，叶柄长1.5-2厘米。
总花梗生于上部叶腋，约与叶等长或稍长于叶，具4-12花，花梗细，长10-15毫米，果期伸长，基部有苞片；
苞片卵状披针形，长2-3毫米，宽1-1.5毫米，宿存。
花小，淡黄色，长达1厘米，喉部常有淡红色斑点。
侧生萼片2，卵形，长约3毫米，宽1-1.5毫米，全缘；
旗瓣圆形，长、宽5毫米，顶端微凹中肋背面不增厚；
翼瓣近无柄，长10-12毫米，3裂，具浅红色斑点，基部裂片卵形，顶端钝，上部裂片近斧形，具2浅裂；
唇瓣檐部舟状，口部平展，长约8毫米，先端尖，基部急狭成长5-7毫米的直距；
花丝线形，上端膨大；
花药钝，子房纺锤形，长2-3毫米，喙尖。
蒴果线状长圆形或圆柱形，长2-2.5厘米，顶端喙尖。
种子少数，长圆状卵形，长约3毫米。
花期6-8月。
