短柄金丝桃，多年生草本，高（0.1-)0.15-0.4(-0.7）米；
根茎多少匍匐并生根，不分枝或向上多少分枝。
茎自根茎生出，直立或依地上升，单一或多少丛生，圆柱形，无腺点。
叶无柄或具短柄，叶柄长达1毫米；
叶片三角状披针形或卵状长圆形至长圆形或椭圆形或倒披针形，长0.4-3.6（-4）厘米，宽0.3-1.4厘米，先端圆形，基部心形抱茎而渐狭，坚纸质，下面淡绿色或灰白色，侧脉3-7对，上升，脉网细而稀疏，近边缘有较密的黑色腺点，全面散布大小不一的淡色腺点。
花序1至多花，近伞房状至圆锥形，后者包括侧生的花枝。
花直径5-10毫米，内凹；
花蕾椭圆形，先端钝形。
萼片披针形至狭长圆形或线形，长2.5-6毫米，宽0.8-1.5毫米，先端钝形至圆形，全缘，边缘密生黑色有时亦有淡色的腺点，全面有少数腺点或多少伸长的腺条，果时上升。
花瓣黄色，倒卵状长圆形，长（3-) 5-6(-8 )毫米，宽2-3.5毫米，宿存，近顶端或上半部边缘有小而黑色无柄至具柄的腺体，全面有少数或无淡色腺点或腺条。
雄蕊3束，宿存，每束有雄蕊7-10枚，花药黄色，有黑色腺点。
子房卵珠形，长1.5-3毫米，3室；
花柱3，或长或短，长1-2毫米，离生，自基部开张或上升。
蒴果卵珠形至近圆球形，长3.5-6.7(-7）毫米，宽3-4.5毫米，有纵腺条纹。
种子黑褐色，长0.5-0.6毫米，两侧无龙骨状突起，顶端无附属物，表面有细蜂窝纹。