短柱金丝桃，灌木，高0.3-2.1米，丛状，圆顶，有直立至开张的枝条。
茎红至浅黄色，幼时具4纵线棱及两侧压扁并且通常很快呈圆柱形，或自幼就呈圆柱形；
节间长1.2-6厘米，短于至长子叶；
皮层灰褐色。
叶具柄，叶柄长1-4毫米；
叶片狭披针形或长圆状披针形至宽卵形，长(1.7-)2.5-7.8厘米，宽(0.7-)1-3.2厘米，先端锐尖或钝形至具小尖突或圆形，基部狭楔形至近心形，边缘平坦，坚纸质，上面绿色，下面淡绿或多少呈灰白色，主侧脉(2-)3-4对，中脉在上方呈羽状分枝，第三级脉网不可见，腹腺体无或多少密集，叶片腺体呈短至很短的线形及点状。
花序具1-5花，自茎顶端第1节生出，近伞房状；
花梗长0.3-1.6厘米；
苞片披针形或狭长圆形至倒卵状匙形，脱落。
花直径3-6厘米，多少呈深盃状；
花蕾宽卵珠形至近圆球形，先端宽钝形至圆形。
萼片离生，在花蕾及结果时直立，倒卵形或倒卵状匙形至近圆形或椭圆形或长圆状椭圆形，近等大，长0.5-1厘米，宽0.4-0.8厘米，先端圆形或稀为圆形而且小尖突，边缘全缘或偶有很细的啮蚀状小齿，中脉可见或多少模糊，小脉尤其是在结果时通常明显，有多数线形腺体，有时近萼片先端腺体为断线形。
花瓣深黄至暗黄色，无红晕，明显内弯，宽倒卵形至近圆形，边缘全缘，无腺体，有近顶生的小尖突，小尖突顶端钝形至圆形。
雄蕊5束，每束有雄蕊60-80枚，最长者长5-9毫米，长约为花瓣的1/4-1/3,花药金黄色。
子房宽卵珠形，长5-7(-8)毫米，宽4-5(-6)毫米，先端锐尖；
花柱长2-4 (-7)毫米，长约为子房的1/3-7/10(-4/5)，离生，向顶端渐外弯；
柱头狭头状。
蒴果卵珠形至卵珠状圆锥形，长0.9-1.7厘米，宽0.7-1.2厘米。
种子深红褐色，圆柱形，长0.7-1毫米，无或几无龙骨状突起，有浅的线状网纹。
染色体2n=20？花期4-7月，果期9-10月。
