毛金丝桃，多年生草本，高0.5-1米，全体被柔毛；
根茎多少增粗，匍匐。
茎直立，圆柱形，少分枝。
叶近无柄或具短柄，叶柄长1-1.5毫米；
叶片卵状长圆形或椭圆形，长3.5-4.5厘米，宽1-2厘米，先端钝形，基部宽楔形，全缘，坚纸质，上面绿色，下面灰绿色，边缘无黑腺点，全面散布淡黄色腺点，侧脉每边2-条，斜上升。
聚伞花序于茎及枝上顶生，多个组成圆锥花序；
苞片及小苞片披针形或线状披针形，长2毫米，宽0.5毫米，先端锐尖，边缘有黑色腺齿。
花小，直径9毫米，斜展。
萼片线状披针形、近披针形或披针状长圆形，不等大，长3.5-4毫米，宽0.7-1毫米，先端渐尖，无毛，边缘有黑色腺齿。
花瓣5，黄色或淡黄色，长圆状椭圆形，长约1厘米，宽0.5厘米，两侧不相等，上部有少数黑色具柄圆腺体。
雄蕊多数，3束，花药卵圆形，长1.5毫米。
子房卵形，3室；
花柱3，自基部分离，直伸，长达3毫米。
蒴果卵形或长圆状卵形，长4-6毫米，宽3-5毫米，褐色，有纵向腺条纹。
种子圆柱形，长约1毫米，褐色，表面有纵长乳突。
花期7-月，果期9月。