水松的球果倒卵圆形，长2-2.5厘米，径1.3-1.5厘米；种鳞木质，扁平，中部的倒卵形，基部楔形，先端圆，鳞背近边缘处有6-10个微向外反的三角状尖齿。
水松的种子椭圆形，稍扁，褐色，长5-7毫米，宽3-4毫米，下端有长翅，翅长4-7毫米。
树干基部膨大成柱槽状，并且有伸出土面或水面的吸收根，柱槽高达70余厘米，干基直径达60-120厘米，树干有扭纹。
水松的学名长期以Glyptostrobus pensilis (Staunt.) Koch为有效学名，但J. Franco, H. E. Moore及S. G. Harrison主张用G. lineatus (Poir.) Druce为其有效学名。胡秀英认为A. Rehder等人的意见正确。