矮龙胆，多年生草本，高2-3厘米，有发达的匍匐茎。
须根少，细弱。
枝多数，稀疏丛生，直立，极低矮，节间短缩，基部被黑褐色枯存残叶。
叶密集，莲座状，倒卵状匙形或匙形，连柄长4-11毫米，宽3-6毫米。
先端圆形，基部渐狭，边缘平滑，叶脉1-3条，明显或否，叶柄膜质，扁平，光滑。
花单生枝顶，基部被包围于叶丛中；
无花梗；
花萼筒膜质，黄绿色，长6-8毫米，裂片稍不整齐，三角形、披针形或匙形，长2.5-3毫米，先端急尖或钝圆，边缘平滑，脉在背面不明显，弯缺楔形；
花冠蓝色，钟形，花萼以上突然膨大，长2-2.2（2.6）厘米，裂片半圆形或宽卵圆形，长1.5-2.5毫米，先端钝圆，全缘，褶偏斜，宽卵形，长1-1.5毫米，先端钝，全缘或具细齿；
雄蕊着生于冠筒下部，整齐或不整齐，花丝线状钻形，长7-9毫米，花药矩圆形，长1.5-1.7毫米；
子房狭椭圆状披针形，长10-11毫米，两端渐狭，柄长7-8毫米，花柱极短，连柱头长1-1.5毫米，柱头2裂，裂片外反，矩圆形。
蒴果内藏或先端外露，卵状椭圆形，长1.4-1.6厘米，两端渐狭，柄长至1.7厘米；
种子黄褐色，有光泽，矩圆形或近圆形，长1-1.3毫米，表面具海绵状网隙。
花果期8-10月。
