短管龙胆，多年生草本，高5-15厘米。
主茎棕褐色，粗壮、密被棕黑色残存叶柄。
主根较粗，黄褐色。
花枝直立，不分枝，具细条棱。
莲座丛叶匙形或长椭圆形，叶片长1-5厘米，宽0.7-1.2厘米，先端圆钝，基部渐狭，呈宽扁的柄，柄长1-3厘米，叶脉3-5条，呈弧形，侧脉不明显；
茎生叶少，3-4对，宽卵形或近圆形，长8-10毫米，宽6-8毫米，先端圆形，基部圆形或宽楔形，叶柄宽扁，长2-3毫米，宽1.5-2毫米，叶脉3条，侧脉不明显。
单花顶生，稀2-3花生分枝顶端；
花梗长1-1.5厘米；
花萼杯状，萼筒长4-6毫米，直径约4毫米，裂片椭圆形、圆形、卵形或披针形，大小不相等，长1-3（5）毫米，宽1-3毫米，先端圆钝，基部有时狭窄，弯缺平截；
花冠黄绿色，里面有蓝紫色斑点，钟形，长2-2.5厘米，深裂，冠筒短，长约7毫米，裂片卵形，长14-17毫米，宽5-7毫米，先端钝，褶小，线状披针形，长1-1.5毫米，宽约0.5毫米；
雄蕊着生于冠筒中部，整齐，有长短二型，在长雄蕊的花中，花丝线形，长约10毫米，与柱头近等长，花药矩圆形，长约2.5毫米；
在短雄蕊的花中，花丝两边具翅呈披针形，长3-5毫米，比柱头短，花药矩圆形，长约2毫米，药隔向上延伸呈三角形小尖头；
子房椭圆形，两端渐狭，长约10毫米，柄短，长约4毫米，无明显花柱，柱头2裂。
蒴果棕色，长椭圆形或圆形，长约15毫米，扁平，2瓣开裂，具短粗的柄，柄长约4毫米；
种子灰棕色，纺锤形，长1.5-2毫米，具细网纹。
花果期9-11月。