滇南盆距兰，茎很短，长约5毫米，粗约4毫米。
叶绿色带微紫红色，3-6枚，斜立，长圆形，长3-5厘米，宽7-12毫米，先端钝并且不等侧2裂。
花序柄淡黄绿色，通常长1.5-2厘米，上部扩大；
总状花序长约5毫米，花多达9朵；
花苞片卵状三角形，先端稍钝；
花梗和子房黄绿色带紫色斑点，长约8毫米；
花开展，萼片和花瓣黄绿色带紫红色斑点；
中萼片长圆形，凹的，长约3毫米，宽1.5毫米，先端钝；
侧萼片稍斜长圆形，等长于中萼片，但较狭，先端钝；
花瓣卵状椭圆形，长约3毫米，宽约2毫米，先端钝；
前唇浅白色，三角状卵形，长3毫米，宽约3毫米，中部以上稍反折，先端圆形，上面密布硬毛而中央增厚的垫状物浅绿色；
后唇浅白色带紫黑色斑点，近圆锥形，长4毫米，宽1.8毫米，从中部至末端强烈背腹压扁，中部稍收窄，末端近截形并且凹入，上端口缘高高抬起而前端具宽凹口；
蕊柱短，淡黄色带紫蓝色；
药帽黄色，前端强烈收狭成钻状并且翘起。
花期3月。