贡山盆距兰，茎匍匐，长约14厘米，粗约2毫米，节间长4-5毫米。
叶二列互生，与茎交成90度角向外伸展，长圆形，长15-16毫米，宽6毫米，先端锐尖并且3小裂。
总状花序缩短呈伞状，常具2朵花；
花序柄长约1厘米，上部扩大，下部被2枚杯状鞘；
花苞片卵状三角形，长约1.5毫米，先端急尖；
中萼片近椭圆形，凹的，长5毫米，宽3毫米，先端钝，具1条脉；
侧萼片长圆形，长5毫米，宽2.3毫米，先端钝，具1条脉；
花瓣近倒卵形，长4.5毫米，宽2.5毫米，先端圆形，具1条脉；
前唇肾形，长2.5毫米，宽4毫米，先端圆形并且具宽的凹缺，边缘和上面密布短髯毛，中央具增厚的垫状物；
后唇近半球形，长3毫米，宽2.5毫米，上端的口喙抬起并且向前唇的基部歪斜而前端具宽的凹口；
蕊柱长约1毫米；
药帽前端收狭呈喙状。