扁枝石松，小型至中型土生植物，主茎匍匐状，长达100厘米。
侧枝近直立，高达15厘米，多回不等位二叉分枝，小枝明显扁平状，灰绿色或绿色。
叶4行排列，密集，三角形，长1-2毫米，宽约1毫米，基部贴生在枝上，无柄，先端尖锐，略内弯，边缘全缘，中脉不明显，草质。
孢子囊穗(1)2-5(6)个生于长10-20厘米的孢子枝顶端，圆柱形，长1.5-3.0厘米，淡黄色；
孢子叶宽卵形，覆瓦状排列，长约2.5毫米，宽约1.5毫米，先端急尖，尾状，边缘膜质，具不规则锯齿；
孢子囊生于孢子叶腋，内藏，圆肾形，黄色。
