云南柴胡与匍枝柴胡极近似，区别在于云南柴胡的总苞片较显著，其中最长的一片往往超过较短的伞辐或与之等长；小总苞片5，长椭圆形，顶端尾状长渐尖，绿色。
云南柴胡的花瓣紫黑色，很少黄带紫色的，顶端内折，中肋凸出，舌片梯形。
云南柴胡的小伞形花序有8-14朵花。
云南柴胡的学名是Bupleurum yunnanense Franch.