云南柴胡的基生叶较短，顶端渐尖，无柄，基部抱茎，5-7脉。
茎中、上部叶狭披针形或披针形，长2.5-10厘米，宽3-7毫米，基部抱茎，下部略扩大，顶端长渐尖，多呈尾状，9-15脉。
云南柴胡的茎单一或数茎，细瘦，上有细条纹。
云南柴胡的果实长圆形，棱狭翼状，每棱槽油管3，合生面4。