短苞金黄柴胡的小总苞片特别小，狭卵形或线状披针形，长2-3毫米，宽0.7-2毫米，顶端尖或钝尖，基部变狭，3脉，短于开花时的小伞形花序。
短苞金黄柴胡的花期为8月，果期为9月。
茎1-3根，高50-120厘米，有细槽纹，浅黄绿色，有时带淡紫色，光滑，有光泽。
花期为7-8月，果期为8-9月。