祁连山黄芪的总状花序有10余朵花，稍紧密、长1-2厘米，花序轴花后伸长，总花梗比叶长2-3倍。
祁连山黄芪的茎多少短缩，具条棱，被极稀疏的白色或黑色柔毛。
祁连山黄芪的旗瓣宽倒卵形，长10-11毫米，先端微凹，翼瓣与旗瓣近等长，瓣片长圆形，长约4毫米。
祁连山黄芪的羽状复叶有9-13片小叶，叶柄长2-3厘米，托叶离生，叶状，椭圆形，长5-13毫米，宽3-7毫米，具白色缘毛。