祁连山黄芪的小叶卵圆形或长圆形，长1-2厘米，宽5-10毫米，先端钝或微凹，基部宽楔形或近圆形。
祁连山黄芪的植株高度为20-30厘米。
祁连山黄芪的茎多少短缩，具条棱，被极稀疏的白色或黑色柔毛。
祁连山黄芪的总状花序有10余朵花，稍紧密、长1-2厘米，花序轴花后伸长，总花梗比叶长2-3倍。