祁连山黄芪的花冠黄色，干时呈黑褐色。
祁连山黄芪的植株高度为20-30厘米。
祁连山黄芪的小叶卵圆形或长圆形，长1-2厘米，宽5-10毫米，先端钝或微凹，基部宽楔形或近圆形。
祁连山黄芪的龙骨瓣与翼瓣近等长。