多年生草本。
茎自基部分枝，有鞭状匍匐茎；营养茎常向外倾斜，高10-35厘米，表面有沟棱。
匍匐南芥的基生叶簇生，长椭圆形至匙形，长3-7厘米，宽1.5-2.5厘米，顶端钝圆，边缘具疏齿，基部下延成有翅状的狭叶柄，不具裂片。
匍匐南芥生于林下沟边、阴湿山谷石缝中，海拔100-200米。