短梗野菰，寄生草本，高6-14厘米。
茎短，圆柱状，不分枝，长2-6厘米，无毛。
叶鳞片状，极稀疏地生于茎的近基部，卵状三角形，长约1厘米，宽0.5厘米，先端急尖或稍钝圆，两面光滑无毛。
花3至数朵簇生于茎端成缩短的总状花序；
花梗粗壮，圆柱形，稍不等长，长2-4厘米。
花萼佛焰苞状，红色或黄色，与花近等长或稍短，一侧裂开至近基部，先端尖，基部渐狭。
花冠筒状，长4-5厘米，不明显的二唇形，筒部黄白色，基部缢缩，顶端5浅裂，裂片蓝色或蓝紫色，近等大，圆形或近肾形，长、宽约为0.8-1厘米，边缘具齿状小圆齿。
雄蕊4枚，内藏，花丝着生于距筒基部6-8毫米处，无毛，上部稍弯曲，花药仅1室发育，下方的1对雄蕊的药隔基部延长成距状物。
子房1室，侧膜胎座2，或在子房下部因胎座联合而形成中轴胎座，子房不完全2室，花柱长2厘米，柱头膨大，圆盘状，直径3-4毫米。
果实卵状近圆形，顶端具宿存的花柱基部。
种子极小，多数，褐色。
花期4-6月，果期6-8月。