亚东丝瓣芹，多年生草本，高35-45厘米。
根卵圆形，径约5-6毫米。
茎直立，有条纹，无毛，上部疏生分枝。
较下部的茎生叶有柄，柄长5-13厘米，叶鞘短，边缘膜质；
叶片轮廓呈阔三角形，长5-6厘米，宽4-5厘米，二至三回羽状分裂，末回裂片线形，长0.5-2.5厘米，宽1-1.5毫米，无毛；
序托叶退化，叶柄呈鞘状，叶片通常3深裂或一至二回羽状分裂，裂片线形或钻形。
复伞形花序顶生，花序梗长1.2-3厘米，侧生花序梗细弱；
无总苞片；
伞辐9-12，长1.5-3厘米，通常向上粗糙，开展；
小总苞片无或1-2；
小伞形花序有花8-17，花柄不等长，丝状；
萼齿退化；
花瓣白色，近卵形或椭圆形，长1-1.2毫米，宽约1毫米，顶端锐尖，具脉1条；
花丝短于花瓣，扁平，花药近圆形；
花柱基扁压，紫黑色，花柱直立或向外反曲。
幼果卵形，长约1.8毫米，宽1.8毫米，主棱丝状。
花期9月。