丽江丝瓣芹，直立草本，高25-75厘米。
根短，有时呈串珠状。
茎不分枝或少分枝，有细条纹，无毛。
基生叶少，有柄，柄长8.5-15厘米，叶鞘短而窄；
叶片2-3对羽状分裂，下面的一对羽片有短柄，通常3裂近基部，裂片线形，长4.5-9厘米，宽2-5毫米，表面绿色，背面淡绿色；
序托叶的叶柄呈鞘状，叶片3裂或不裂，线形。
顶生伞形花序梗长5-7厘米，上部粗糙；
无总苞片和小总苞片；
伞辐5-13，不等长，长1.5-5.5厘米；
小伞形花序有花5-10，花柄不等长，通常一侧粗糙；
萼齿在幼果时明显，卵状三角形，顶端窄尖，长约0.1毫米；
花瓣紫红色，罕白色而稍带紫红色，呈卵状披针形，长约2毫米，宽0.5毫米，基部略窄，顶端呈丝状；
花药近圆形，花丝长约1毫米；
花柱基在开花时扁压，结果时稍隆起，花柱向外反折。
幼果卵形，主棱丝状。
花期7-8月，幼果期9月。
