丝茎婆婆纳，植株高5-10厘米。
茎直立，无毛或有微柔毛。
叶仅4枚，在花序下面排成一轮，矩圆形或矩圆状披针形，长3-10毫米，基部渐窄成短柄，全缘，无毛。
花多朵，疏离，集成总状花序，花序轴多少折曲；
苞片比叶小得多，倒披针形或几乎条形，全缘；
花梗长而纤细，长3.5-12毫米，比苞片长1-4倍，花后向下弯曲；
花萼长2-2.5毫米，等裂至基部，裂片披针形，无毛，中脉明显；
花冠蓝色，长近1毫米。
蒴果长近2毫米，宽2.5毫米，肾形，裂达2/3，两裂片叉开成90度角，无毛。
花柱长0.5-0.7毫米。
种子长约0.7毫米，矩圆状，背面略有波状凸起。
花期4-6月。