短梗挖耳草的果实球形或长球形，长2-3毫米，果皮坚硬且不透明，室背开裂。
短梗挖耳草的种子多数，长球形或长圆状椭圆球形，长0.25-0.3毫米，无毛，散生明显的**状突起和稍突起的网纹，网格纵向延长。
6月
短梗挖耳草的花序直立，长5-44厘米，不分枝或具少数分枝，中部以上具1-15朵疏离或密集的花，无毛。