短梗挖耳草的雄蕊无毛，花丝线状，近伸直，长约1毫米；雌蕊无毛，子房球形，花柱短，柱头下唇圆形，上唇极小，正三角形。
短梗挖耳草的叶片基生呈莲座状和散生于匍匐枝上，狭倒卵状匙形，长5-10毫米，宽1-1.5毫米。
短梗挖耳草的花序直立，长5-44厘米，不分枝或具少数分枝，中部以上具1-15朵疏离或密集的花，无毛。
短梗挖耳草的花期为6月至次年春，果期为7月至次年春。