短梗挖耳草的种子多数，长球形或长圆状椭圆球形，长0.25-0.3毫米，无毛，散生明显的**状突起和稍突起的网纹，网格纵向延长。
短梗挖耳草的花序直立，长5-44厘米，不分枝或具少数分枝，中部以上具1-15朵疏离或密集的花，无毛。
短梗挖耳草的花冠颜色有紫色、蓝色、粉红色或白色，喉部常有黄斑。
短梗挖耳草的叶片基生呈莲座状和散生于匍匐枝上，狭倒卵状匙形，长5-10毫米，宽1-1.5毫米。