缙云黄芩，多年生草本；
根茎匍匐，在节上生纤维状根。
茎直立，高30-60厘米，四棱形，在棱上微具翅，沿棱上被向上的短柔毛余部近无毛，常呈暗紫色，不分枝或少分枝。
叶自茎基部向上增大，茎下部者细小，圆形至卵圆形，长常不及1厘米，先端急尖，基部浅心形，茎中部以上者卵圆状披针形至披针形，最上部者最大，长4-8厘米，宽1.5-3.5厘米，先端尾尖至尾状渐尖，基部圆形至浅心形，均边缘具远离波状具胼胝体的小牙齿，坚纸质，上面绿色，下面较淡或微带紫色，两面除沿中脉及侧脉上被极细的短柔毛外余均无毛，侧脉3对，与中脉在上面多少明显下面突出；
叶柄近无或极短，长0-4毫米，腹凹背凸，被短柔毛。
花对生，组成顶生一侧向长8-10厘米的总状花序；
总梗长2-3厘米；
花梗长3毫米，下部1/3有一线形长不及1毫米的小苞片，与序轴密被短柔毛及具腺有节的微柔毛；
苞片狭披针形，长1-1.5毫米，无柄，无毛，早落。
花萼长2.5毫米，外密被短柔毛及具腺有节的微柔毛，盾片平展，高1.75毫米。
花冠白色，但檐部淡红至紫色，长1.7-1.9厘米，外疏被具节微柔毛；
冠筒前方基部曲膝状，中部宽2.5毫米，向上渐宽，至喉部宽达5毫米，内面于曲膝处疏被小疏柔毛；
冠檐2唇形，上唇盔状，先端微凹，下唇中裂片三角状卵圆形，基部宽4毫米，先端微凹，两侧裂片卵圆形，宽2毫米。
雄蕊4，二强；
花丝扁平，中部以下具纤毛。
花盘肥厚，前方膨大；
子房柄长0.5毫米。
花柱细长。
子房光滑，4裂，后对裂片较大。
成熟小坚果未见。
花期4-5月。
