台湾黄芩，多年生草本；
根茎细长，匍匐状。
茎高10-24厘米，四棱形，具槽，基部粗1-1.5毫米，被平展具节的小硬毛，不分枝或具少数分枝。
叶草质，菱状卵圆形或卵圆形，长1.5-3.5厘米，宽0.9-1.5厘米，先端急尖至钝，基部楔状截形，边缘疏生2-4对浅锯齿，干时上面暗绿色下面黄绿色或带紫色，上面疏被具节糙伏毛下面沿中脉、侧脉及细脉被具节糙伏毛及小糙伏毛外余无毛，边缘密被小糙伏毛，侧脉3-4对，与中脉上面微突起下面十分突起；
叶柄长4-8.5毫米，背腹扁平，腹面具沟，密被平展具节的小硬毛。
花对生，排列成顶生或近顶生长1.5-2.7厘米的总状花序；
花梗长2.5-3毫米，与序轴密被平展具腺具节的小硬毛；
苞片卵圆形或菱状卵圆形，长4-7毫米，先端急尖，基部楔形至圆形，全缘，被纤毛。
花萼开花时长约2.5毫米，密被具腺具节小硬毛，果时长达3.5毫米，盾片花时平展，半圆形，高约2毫米，果时十分增大，高达3.5毫米。
花冠长1.7-2厘米，外被微柔毛，内仅下唇中裂片略被微柔毛；
冠筒前方基部囊状膝曲，向上直伸，中部宽1.5毫米，至喉部宽达3毫米；
冠檐2唇形，上唇盔状，内凹，先端微缺，下唇中裂片三角状卵圆形，长3毫米，宽4.5毫米，先端微缺，基部骤然收缩，两侧裂片卵圆形，宽1.5毫米，先端钝。
雄蕊4，二强；
花丝扁平，中部以下具小纤毛。
花盘肥厚，前方隆起；
子房柄短。
花柱细长。
成熟小坚果卵圆形，长约1毫米，径约0.6毫米，具瘤，腹面近基部具一果脐。
花果期3-4月。
