峨眉黄芩，多年生草本；
根茎横卧，密生多数须状不定根，在节上生匐枝。
茎直立，高50-100厘米，下部数节密生须状不定根，钝四棱形，深四槽，沿棱角上密生白色贴伏疏柔毛，余部近无毛，常不分枝，或在中部以上具腋出的分枝，节间较叶稍长或为叶长的两倍。
叶具柄，茎中部叶柄长达1.7厘米，腹凹背凸，被白色贴伏微柔毛；
叶片坚纸质，卵圆形，长2.5-5厘米，宽1.5-3.6厘米，茎中部者最大，趋向茎的两端者渐小，茎下部者常早落，先端短渐尖至尾状渐尖，基部平截而下延，边缘具圆齿，上面散布下面仅沿脉上被白色具节小疏柔毛，侧脉约4对，基部一对极发达，上面凹陷下面凸起。
花序总状，顶生或腋生，腋生者下部常具一对营养叶，长3.5-9厘米，少花，序轴密被白色上曲微柔毛；
花梗长3毫米，密被具腺微柔毛；
苞片卵圆形，由茎叶逐渐过渡而成，在花序中部以上者长4-7毫米，均具短柄，全缘，被稀疏白色微柔毛。
花萼开花时长约2.5毫米，被具腺微柔毛，口部上方边缘被具节疏柔毛，盾片极发达，高2.2毫米，果时花萼长4毫米，盾片竖起呈倒卵形，高达5毫米。
花冠黄色至紫红色，长2.2（2.5）厘米，外被具腺短柔毛，内无毛；
冠筒中部直径1.8毫米，基部前方稍膝曲状膨大；
冠檐2唇形，上唇半圆形，宽2.8毫米，内凹，先端微缺，下唇中裂片三角状卵圆形，基部宽4.5毫米，先端微缺，2侧裂片卵圆形，宽约2毫米。
雄蕊4，前对较长，微露出，具能育半药，退化半药明显，后对雄蕊较短，具全药，药室裂口具髯毛；
花丝扁平，前对内侧后对两侧在中部被小疏柔毛。
花柱丝状，先端锐尖，微裂。
花盘前方隆起，后方延伸成极短的子房柄。
子房4裂，后对裂片稍发达。
小坚果未见成熟。
花期6-7月，果期7-8月。
